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Keras: error at the beginning of fit with Dropout

When Keras’ model contains Dropout component in it, we must tell the model whether we are training or test mode because the network behaves differently. The solution is mentioned in github issue and Keras docs.

 

from keras.backend import set_learning_phase
...
set_learning_phase(1)
model = ...
model.compile(...)
model.summary()
model.fit(...)
set_learning_phase(0)
model.predict()
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Keras: plot_model returns pydot and graphviz related error on Windows

plot_model of Keras installed on Windows may return pydot and graphviz related error like “Graphviz’s executables are not found’. The error cause is that the computer does not know the path of Graphviz’s executable exactly mentioned as the error message. The solution is explained here.

  1. Install GraphViz software not python module
  2. add GraphViz’s bin directory to system path
  3. install graphviz like conda install graphviz
  4. install pydot like pip install git+https://github.com/nlhepler/pydot.git

 

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Decompose a textured ply file into geometry and texture

Filter > Texture > Parametrization: Trivial Per-Triangle
Filter > Texture > Transfer: Transfer Vertex Attributes to Texture (1 or 2 meshes)
File > Export Mesh As (save as .obj)

objファイルは頂点情報とテクスチャ座標の情報を持っている.
objファイルが読み込むテクスチャはテクスチャ座標での画像となっており,テクスチャ変換に適した画像ではない.

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obj file

Obj file
1. 頂点の座標
頂点の座標(x, y, z[, w]))は以下のように記述される(wはオプション.デフォルト値は1.0.
).
v x y z
v x y z w
以下の記述だと,3次元点(0.123, 0.234, 0.345)を表すことになる.
v 0.123 0.234 0.345 1.0

2. テクスチャ座標
テクスチャ座標(u, v [,w])は以下のように記述される(wはオプション.デフォルト値は0.
).
u, vは0から1の間の値となる.
vt u v
vt u v w
以下の記述だと,テクスチャ座標(0.500, 1.000)を表すことになる.
vt 0.500 1 [0]

3. 法線ベクトル
法線ベクトル(n_x, n_y, n_z)は以下のように記述される.
vn n_x n_y n_z
法線ベクトルは単位ベクトルでなければならない.
以下の記述だと,法線ベクトルは(0.707, 0.000, 0.707)を表すことになる.
vn 0.707 0.000 0.707

4. ポリゴンメッシュ
ポリゴンメッシュは3個以上の頂点によって形成されるオブジェクト.
複数の表記方法がある.

4.1. 頂点座標
ポリゴンメッシュを形成する頂点のインデックスによって,以下のように記述される.
f v1 v2 v3 …
以下の記述だと,該当するポリゴンメッシュは1, 2, 3番目の頂点によって形成される
f 1 2 3

4.2. 頂点座標 + テクスチャ座標
ポリゴンメッシュを形成する頂点のインデックスと,各頂点のテクスチャ座標のインデックスによって,以下のように記述される.
頂点viのテクスチャ座標はvtiとなる.
f v1/vt1 v2/vt2 v3/vt3 …
以下の記述だと,該当するポリゴンメッシュは3, 4, 5番目の頂点(各テクスチャ座標のインデックスは1, 2, 3)によって形成される
f 3/1 4/2 5/3

4.3. 頂点座標 + テクスチャ座標 + 法線ベクトル
ポリゴンメッシュを形成する頂点のインデックスと,各頂点のテクスチャ座標及び法線ベクトルのインデックスによって,以下のように記述される.
f v1/vt1/vn1 v2/vt2/vn2 v3/vt3/vn3 …
以下の記述だと,該当するポリゴンメッシュは6, 3, 7番目の頂点(各テクスチャ座標のインデックスは4, 5, 6,法線ベクトルのインデックスは1, 3, 5)によって形成される
f 6/4/1 3/5/3 7/6/5

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Reduce the file size of a ply file by MeshLab

Use simplification filtering by
  Filters > Remeshing, Simplification and Reconstruction > Simplification: Quadratic Edge Collapse Detection
Then, MeshLab pops out the following GUI.
meshlab_simplification_gui
Via the GUI shown below, I set
– target number of faces: smaller
– Preserve Boundary of the mesh: checked
– Preserve Normal: checked
– Preserve Topology: checked
– Planar Simplification: checked

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院長選挙

院長選挙
久坂部羊
幻冬舎

疑惑の死を迎えた天都大学病院長の後釜選挙.
時期病院長候補と各科のしがらみが面白いんだけど,病院長死亡の真相は何となく予想がついてしまう.話が面白くて,途中で思いっきり笑っちゃった.

内容: 国立大学病院の最高峰、天都大学医学部付属病院。その病院長・宇津々覚が謎の死を遂げる。「死因は不整脈による突然死」という公式発表の裏では自殺説、事故説、さらに謀殺説がささやかれていた。新しい病院長を選ぶべく院長選挙が近く病院内で開かれる。候補者は4人の副院長たち。「臓器のヒエラルキー」を口にして憚らない心臓至上主義の循環器内科教授・徳富恭一。手術の腕は天才的だが極端な内科嫌いの消化器外科教授・大小路篤郎。白内障患者を盛大に集め手術し病院の収益の4割を上げる眼科教授・百目鬼洋右。古い体制の改革を訴え言いにくいこともバンバン発言する若き整形外科教授・鴨下徹。4人の副院長の中で院長の座に就くのは誰か?まさに選挙運動の真っ盛り、宇津々院長の死に疑問を持った警察が動き出した…。 (Amazonより)

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孤高のメス 完結篇 命ある限り

孤高のメス 完結篇 命ある限り
大鐘美稔彦
幻冬舎文庫

外科医当麻鉄彦シリーズ最終巻.
前作最後で劇症肝炎で死線を彷徨っていた藤城の生体肝移植と政治がテーマ.

当麻の前妻の父親に国政選挙に出てもらう+甦生記念病院のかつての事務長の町長選挙?があんまり面白くなかった.どちらも,かつて甦生記念病院をひっかきまわしたクソ外科医荒井に対する対抗馬としての出馬.

内容: 劇症肝炎で死の淵をさまよう藤城の生体肝移植を、かつての上司、久野の制止を振り切って敢行する当麻鉄彦。一方、医科大学新設を目指す鉄心会の理事長、徳岡は病魔に侵されながらも、鉄心会を追われたリベンジを図る荒井の対抗馬として、衆院選で当麻の亡妻の父、大川松男を擁立する―。医学界の現実を鋭くえぐる医療ドラマの最高峰、完結。 (Amazonより)